ある特定の課題について、意見交換や、研究結果の発表、及びそれについての討論の場を設けたい会員のグループがいれば、ワークショップを開催する事が出来ます。特に、学際的なアプローチをとる研究者によるワークショップ設立は奨励されます。今までに開催されたワークショップの課題としては、「日本における時ないし時間の観念」、「魔法、宗教、科学」、「日本における近代科学の文化史」、「日本をめぐるジェンダー研究」（1992年以来毎年開催）、そして「日本の中小企業」（1995年以来毎年開催）－ 2000年に「日本経済における制度と組織」に改名 － が挙げられます。

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